↵UP IAM vodi direktor, prof. dr. Vito Vitrih. Direktor vodi in organizira poslovanje, zastopa ter predstavlja UP IAM navzven, je strokovni vodja UP IAM in opravlja naloge, temelječe na zakonu, odloku o ustanovitvi UP, Statutu UP ter pooblastilih rektorja Univerze. Direktor je poslovodni organ UP IAM, ko ta posluje v okviru dejavnosti iz 2. odstavka 24. člena Statuta UP. Direktorja imenuje Znanstveni svet UP IAM na podlagi volitev na Zboru zaposlenih UP IAM za obdobje štirih let. Direktor je ob nastopu funkcije (14. 12. 2021) imenoval tri pomočnike:
- za področje znanstveno-raziskovalnega dela prof. dr. Klavdijo Kutnar,
- za področje mednarodnega sodelovanja prof. dr. Andrejo Kutnar in
- za finančno področje izr. prof. dr. Marka Orla.
Tajnik članice je Lara Gorela.
Upravno-administrativne in strokovno-tehnične naloge opravljajo v Službi za raziskovalno-razvojno dejavnost in Tajništvu ter podpornih strokovnih službah (Kadrovska služba, IKT služba, Služba za mednarodno sodelovanje in Služba za promocijo), ki si jih inštitut in UP Famnit delita na podlagi Memoranduma o medsebojnem sodelovanju na področjih skupnega interesa med UP FAMNIT in UP IAM (za nedoločen čas podaljšan 13. 2. 2013). V letu 2020 je bila v okviru reorganizacije na UP vzpostavljena skupna Finančno-računovodska služba za vse članice.
Raziskovalno delo na UP IAM poteka v okviru štirih oddelkov in treh centrov, ki jih vodijo predstojniki z namestniki: prof. dr. Andreja Kutnar (OT UP IAM), prof. dr. Klavdija Kutnar (OM UP IAM), prof. dr. Tomaž Pisanski (DIST UP IAM), prof. dr. Dragan Marušič (OPZ UP IAM). Poleg oddelkov delujejo tudi trije centri, ki jih prav tako vodijo predstojniki z namestniki: prof. dr. Diego De Leo (SCRS) in dr. Jernej Vičič (CORA UP IAM).
Organa UP IAM sta Znanstveni svet in Zbor raziskovalcev. Znanstveni svet je najvišji strokovni organ UP IAM, ki oblikuje, vsebinsko usklajuje, daje mnenja in pobude glede organizacije pogojev za razvoj raziskovalne dejavnosti ter izvaja postopke za izvolitve raziskovalcev. Trenutna sestava je bila konstituirana 28. 3. 2022 s štiriletnim mandatom. Izvoljeni so bili tako člani kot nadomestni člani.
Člani Znanstvenega sveta UP IAM:
- Predsednik po funkciji dr. Vito Vitrih, namestnik predsednika dr. Tomaž Pisanski,
- član dr. Andrej Brodnik, nadomestni član dr. Rok Požar (Oddelek za informacijske tehnologije),
- član dr. Tomaž Pisanski, nadomestni član dr. Janez Žibert (Oddelek za informacijske tehnologije),
- članica dr. Andreja Kutnar, nadomestni član dr. Matthew Schwarzkopf (Oddelek za tehnologijo),
- član dr. Jure Pražnikar, nadomestni član dr. Črtomir Tavzes (Oddelek za tehnologijo),
- članica dr. Klavdija Kutnar, nadomestni član dr. Ademir Hujdurović (Oddelek za matematiko),
- član dr. Štefko Miklavič, nadomestni član dr. Marko Orel (Oddelek za matematiko),
- član dr. Dragan Marušič (Oddelek za preučevanje zdravja),
- članica dr. Vita Poštuvan, nadomestna članica dr. Tina Podlogar (Oddelek za preučevanje zdravja),
- član dr. Jernej Vičič, nadomestni član dr. Matjaž Kljun (Center za Oblikovanje in Razvoj Aplikacij).
Znanstveni svet UP IAM ima ustanovljena delovna telesa, ki so:
- Komisija za izvolitve v nazive UP FAMNIT/UP IAM (predsednik dr. Andrej Brodnik),
- Komisija za znanstveno-raziskovalno in razvojno delo (predsednik dr. Marko Orel po funkciji, skupna z UP Famnit),
- Komisija za spodbujanje in spremljanje kakovosti raziskovalnega dela (predsednica dr. Elena Bužan, skupna z UP Famnit),
- Komisija za prenos znanja v gospodarstvo (skliče Znanstveni svet po potrebi),
- Komisije za sprejem internih inovacij (skladno s pravili se določi ob prejemu vloge za inovacijo).
Zbor raziskovalcev skliče predsednik Zbora raziskovalcev po potrebi, oziroma enkrat letno. Sestavljajo ga vsi, na UP IAM zaposleni raziskovalci, ki imajo šifro raziskovalca in so sklenili pogodbo o zaposlitvi na UP IAM, ne glede na obliko, obseg in čas trajanja zaposlitve. Aktualni predsednik Zbora raziskovalcev je dr. Štefko Miklavič.